Desde 2009, a estrutura de governança de Bio-Manguinhos passou a contar com o Conselho Político e Estratégico (CPE), que conta, entre seus membros, com profissionais reconhecidos pelos trabalhos desenvolvidos e vinculados a importantes instituições relacionadas às atividades de Bio-Manguinhos e representativas da sociedade, além de representantes eleitos entre os servidores públicos de Bio-Manguinhos. Entre as instituições, pode-se citar a Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos do Ministério da Saúde, BNDES, ABIFINA, Instituto Butantan. O órgão, que tem caráter consultivo, apoia a Diretoria analisando e sugerindo mudanças no Plano Estratégico – com base em políticas setoriais e tendências tecnológicas e epidemiológicas, regionais e mundiais. Também avalia instrumentos gerenciais estratégicos e o desempenho da Diretoria quanto a resultados e seu alinhamento à estratégia, monitorando riscos e propondo encaminhamentos ao Conselho Deliberativo de Bio-Manguinhos.

Sua atuação visa consolidar o papel do Instituto no país. O grupo se dedica a refletir sobre o desenvolvimento institucional, a médio e longo prazo, buscando espaços políticos, na sociedade e no governo para encaminhar questões de sua área de atuação. Também compete ao órgão acompanhar o desenvolvimento das diferentes atividades do Instituto, colaborando com a Diretoria para a adequada implementação dos projetos científico-tecnológicos e de produção.

Com mandato de três anos, o CPE reúne-se duas vezes ao ano, sendo formado por oito membros: um representante dos quadros da Fiocruz, três representantes externos à Fiocruz, um do Ministério da Saúde, o diretor do Instituto e dois servidores escolhidos em eleição própria. Sua composição mista, com representantes de diferentes instituições, contribui para uma diversidade de olhares sobre as questões que envolvem a unidade. Cabe destacar que o presidente do CPE é escolhido entre seus membros.

Membros 

Presidente
Akira Homma (Bio-Manguinhos/Fiocruz)

Conselheiros

• Nelson Brasil (Abifina)
• Jorge Kalil (Instituto Butantan)
• Pedro Palmeira (BNDES)
• Leonardo Paiva (Ministério da Saúde)
• Mauricio Zuma (Bio-Manguinhos/Fiocruz)
• Elezer Monte Blanco (Bio-Manguinhos/Fiocruz)
• João Miguel Estephânio (Bio-Manguinhos/Fiocruz)

A seguir, estão algumas atividades realizadas pelo CPE desde sua criação: