1997
Implantação de um novo modelo de gestão em Bio-Manguinhos, focado em avaliação de resultados, autonomia, autossustentabilidade, agilidade e flexibilidade operacional. Estabelecimento de um termo de compromisso de gestão entre Fiocruz e Bio-Manguinhos e de uma nova estrutura organizacional, destacando-se a implantação do Conselho Superior de Administração.
1998
Inauguração do Centro de Processamento Final de Imunobiológicos (CPFI), parte do Complexo Industrial de Vacinas de Bio-Manguinhos. Isso permitiu que a instituição atraísse novas tecnologias internacionais para a produção de vacinas.
1999
Início da produção da vacina Haemophilus influenzae b (Hib), através de acordo de transferência de tecnologia entre Bio-Manguinhos e a SmithKline Biologicals, cuja etapa inicial é a produção da vacina a partir de bulk (antígeno concentrado) importado da Bélgica, realizando a formulação, o envasamento, a liofilização e o processamento final da vacina.
2000
Assinatura do contrato para transferência de tecnologia da vacina rubéola entre Bio-Manguinhos/Fiocruz e o Instituto Biken, do Japão.