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As instalações industriais de Bio-Manguinhos estão concentradas no Complexo Tecnológico de Vacinas (CTV), que abrange: o Centro de Processamento Final (CPFI), o Centro de Armazenagem de Produtos Acabados (CEAPA), o Centro de Produção de Antígenos Bacterianos (CPAB) e o Centro de Produção de Antígenos Virais (CPAV). Em 2005, o Centro Integrado de Protótipos, Biofármacos e Reativos para Diagnóstico (CIPBR) começou a ser erguido.

Além do CTV, o Instituto possui outras instalações, localizadas nos pavilhões Rocha Lima, Henrique Aragão, Rockefeller e no seu anexo (onde funciona atualmente o Departamento de Reativos para Diagnóstico). A área total construída de Bio-Manguinhos é de 34.870 m2. Com a implantação do CIPBR, do Depósito de Resíduos, do Núcleo de Saúde do Trabalhador (NUST-Bio), além das obras no CPFI e no CEAPA, a infraestrutura física do Instituto passará a ter 52.426 m2.

 

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