As instalações industriais de Bio-Manguinhos estão concentradas no Complexo Tecnológico de Vacinas (CTV), que abrange: o Centro de Processamento Final (CPFI), o Centro de Armazenagem de Produtos Acabados (CEAPA), o Centro de Produção de Antígenos Bacterianos (CPAB) e o Centro de Produção de Antígenos Virais (CPAV). Em dezembro de 2016, foi inaugurado o Centro Henrique Pena (CHP). O empreendimento ocupa mais de 16.000 m2 e é a primeira planta de protótipos do Brasil, permitindo o aumento de escala de produtos desenvolvidos em bancada e a fabricação de lotes para estudos clínicos.
Outra grande obra em curso no campus de Manguinhos é o Novo Almoxarifado e Prédio Administrativo (Napa), que reunirá as áreas administrativas e de gestão da unidade, em um espaço de 17.535 m2, incluindo 8 salas de reunião e 4 de treinamentos; 1 biblioteca, com sala de consulta; 2 salas de estudo; 1 auditório com 278 assentos; e 384 postos de trabalho. Além do CTV, o Instituto possui outras instalações, localizadas nos pavilhões Rocha Lima, Henrique Aragão, Rockefeller e no seu anexo (onde funciona atualmente o Departamento de Reativos para Diagnóstico).
A área total atual construída de Bio-Manguinhos no campus Manguinhos é de 57.893 m. Com os novos prédios, este número passará para 68.000 m².
O campus Santa Cruz (RJ) ocupa uma área de 580 mil m², com o Novo Centro de Processamento Final (NCPFI), que vai produzir de 100 a 120 milhões de frascos de vacinas e biofármacos por ano. O projeto contempla a definição do Plano Diretor do Campus de Santa Cruz e embute um conceito de flexibilidade, possibilitando a ampliação dos prédios que estão sendo projetados e reservando espaços para construção de novos, seja para novas linhas de produção, seja para áreas de utilidades, apoio e serviço.
Já o campus Eusébio (CE) está alinhado à política de desconcentração do desenvolvimento tecnológico e à expansão nacional da Fiocruz, implantando um novo campus no Ceará, localizado no Polo Tecnológico Industrial da Saúde (PTIS), no município de Eusébio. Bio implantará uma nova unidade no local, sendo a primeira planta industrial do Instituto fora do estado do Rio. A área será dedicada a tecnologias baseadas em plataforma vegetal.
Consulte o mapa do campus Manguinhos, elaborado pela Cogic/Fiocruz